云计算数据中心存在诸多好处，近年来成为各国政府和各行业用户关注的热点。但是云计算作为一个新兴的领域，其技术和产业发展尚未成熟，仍然面临着诸多挑战。
1、云服务可靠性
传统数据中心的宕机风险在云计算数据中心依然存在。即使是云计算行业的巨头也难以完全避免。今年2月28日，微软Windows Azure由于“闰年bug”出现全球范围的大面积服务中断，时间超过24小时，7月26日，Azure又发生故障，中断持续2.5小时，西欧用户受到影响。而公有云平台的先驱亚马逊也在今年发生了两次故障，第一次是停电事故造成的6小时中断，第二次故障则影响到Reddit、Pinterest等知名大网站的运营。
可以看到，由于公有云平台为众多企业提供服务，因此一旦发生数据中心宕机等故障，影响面也将大大扩大，不仅造成服务中断，也可能导致数据的丢失，甚至无法复原。这也是很多用户不将业务迁移至云的疑虑之一。
此外，虽然一般来说，云服务供应商不会倒闭或破产，但是一旦发生这种情况用户如何取回数据，并将其迁移至其他平台也是一大问题。而对于自建云数据中心的用户来说，多厂商设备并存的情况几乎是必然的，多业务跨产品的集成环境使得数据中心的运营越来越复杂。如何解决多厂商硬件兼容性的问题，如何确保多厂商软件系统融合成可有效运作的云计算平台？都是云服务发展所面临的挑战。
2、数据私密性
对于公有云部署模式，组织机构的资源和数据是存放在共享的公共网络之上，将资源的管理权交托给第三方服务商，用户无法对物理资源实现直接控制，这就会面临一些潜在的安全问题。比如说数据泄露，数据被滥用和盗用的问题。如果这些数据是企业核心机密，则会造成对企业的重大的打击。当然，采用私有云并不表示就安全了，有时候公共云服务提供商所采用的安全措施反而超过私有云。
导致数据泄露的三个主要的威胁分别是：第一，云计算平台本身的漏洞或配置错误；第二，黑客恶意攻击云数据中心；第 三、数据处理过程中的人为疏忽。
3、多租户隔离安全
由于资源在云中通常是处于一个和其他用户共享的状态，因此云数据中心往往自动地就具备多租户特征，用户可能会共享同一个应用程序，同一个操作系统，同一个物理服务器，这有利于资源的充分利用，也是云的优势。但与此同时，多个租户之间的信息资源如何进行安全隔离，也是一大挑战。仅仅靠加密或许尚且不够。
4、不断变化的边界
根据最近的一项研究调查，70%的云数据中心未让用户知晓数据存放的实际位置。云计算的特性决定了用户在使用时，可能无法确切知道数据究竟托管在何处，甚至可能不知道它们处于哪个国家。数据可能遍布在不断变化的服务器和数据中心之中。
这当中可能会涉及到法律法规和政策的规定。为了保证信息安全，一些国家的法律明确规定企业的数据不能随意被转移到其他国家之中。当然，其中牵涉到的并不是纯粹的技术问题，随着全球云计算的发展，所需要的国际合作和信任也就越发迫切。
5、透明度不足
云计算平台所面临的挑战，除去系统方面的风险之外，如何为用户提供合乎其要求的服务也是非常重要的。而云计算服务商在服务水平协议（SLA）、安全控制和实施等方面透明度不足，阻碍了用户对于相关风险进行控制和管理。相较于传统数据中心，云计算提供的服务更加丰富，针对用户的特点和需求，提出合理的、可执行的SLA，能在很大程度上帮助用户建立对云计算的信心。
6、云计算标准不完善
对于企业来说，云标准是必须的，这对于保障企业的权利，规范云服务商的行为，起到很大作用。如果没有一个适用于互操作性的灵活通用的框架，技术发展也将受到阻碍。但是目前各类云计算标准还很缺乏，云计算公司往往按照自己的标准提供产品，云标准如何才能获得云服务供应商统一采纳，这一问题依然悬而未决。这也使得用户的权利难以保障，企业改变云服务商是非常困难的。
中国E动网CEO陈明华就曾表示:"如果企业对云计算有兴趣，首先要做的就是制定标准。许多政府和企业都投身云计算领域，但最根本的问题还是制定云计算技术的标准。只有建立了标准，才能真正实现云计算的信息基础建设。"
云计算被许多人视为未来主流，云数据中心无疑是未来发展趋势。但是采纳一项云计算这样的新技术，需要明晰风险挑战，并且根据自身条件和需求选择，盲目跟随云潮流并不可取。机遇永远与挑战并存，这句话虽然老套，但却依旧有效。